Falls noch jemand diese Probleme hat, hier meine Lösung:

1. Objekt mit Bones in Cinema 4d als fbx exportieren (bei mir war es version 6)
2. Dann in 3ds Max importieren (mein Kollege hatte 3ds Max 2013)
3. Nun als FBX Version 2010(!) exportieren

Model, Texturen und Boneanimation wurden reibungslos übernommen!

Ich meine aber nach wie vor, das wenn man den MED mal ein wenig "auffrischen" würde, man auf externe Programme verzichten könnte.
Lieber mal einen gescheiten Model Editor, anstatt viele kleine "unwichtige" Features...