Hier mal meine Theorie zu den Löchern (wir können dann ja trotzdem weiter raten und weiter diskutieren):

Mein erster Gedanke war, dass es vielleicht Rauchabzugs-Löcher für Fackeln waren, die an der Innenseite neben den Fenstern angebracht waren. Außerdem würden die Fackeln so mehr Sauerstoff bekommen. Allerdings bin ich davon wieder abgekommen, da es für die Fackeln zusätzlich noch kleine Löcher an der Wand geben müsste, wo die Halterungen für die Fackeln montiert waren. Und die gibt es nicht. Außerdem hatte man zu der Zeit, als die Burg bewohnt war, schon eher Kerzen verwendet als Fackeln.

Momentan glaube ich aber eher, dass es einfach nur Lüftungslöcher waren. Weil die Fenster waren ja fix verglast, und konnten nicht geöffnet werden (die Löcher für die Eisenstangen zeigen, dass man diese Fenster nicht öffnen konnte). Also waren die Löcher vielleicht die einzige Möglichkeit, dass genügend Luft in die Räume gelangt. Bei großen Kirchen oder Kathedralen, die ja ebenfalls Fenster haben, die sich nicht öffnen lassen, ist das wahrscheinlich kein so großes Problem wie bei relativ kleinen Räumen, wo die Luft schneller verbraucht ist.

In den oberen Stockwerken konnte man dann große rechteckige Fenster benutzen (weil ein Angreifer dort oben nicht so leicht hineinklettern konnte), die man auch öffnen konnte.

Also ich denke, es waren einfach nur Lüftungsschächte, die man vielleicht mittels Holzdeckel an der Innenseite auch verschließen konnte?!